AppDelegateのapplication:didFinishLaunchingWithOptions:など、起動時に毎回呼ばれる場所で

[[TSSqlite sharedSqlite] migrate];

とかくことで、データベースが作成されます。 また、スキーマ設定ファイルが複数指定されていた場合は最新のスキーマ設定ファイルのないようにそうように、マイグレーションをします。

時間がかかる可能性を考え、マイグレーションを行う前に別画面に遷移させたいなどの場合は

if( [[TSSqlite sharedSqlite] isNeedMigrate] ){
    // 画面遷移など 
}

とすることで可能です