AppDelegateのapplication:didFinishLaunchingWithOptions:など、起動時に毎回呼ばれる場所で
[[TSSqlite sharedSqlite] migrate];
とかくことで、データベースが作成されます。 また、スキーマ設定ファイルが複数指定されていた場合は最新のスキーマ設定ファイルのないようにそうように、マイグレーションをします。
時間がかかる可能性を考え、マイグレーションを行う前に別画面に遷移させたいなどの場合は
if( [[TSSqlite sharedSqlite] isNeedMigrate] ){ // 画面遷移など }
とすることで可能です